تعد قضايا المهاجرين وطالبي اللجوء في إسرائيل وقبرص ظاهرة جديدة نسبيا وتزداد نسبياً كل عام، والكثير منهم هم مسيحيون.
تعمل كنيسة القدس على استقبال كافة المهاجرين وطالبي اللجوء كما وتعمل على توفير الحماية والنصح والإرشاد اللازمتين من أجل ضمان حقهم وعيشهم بطريقة آمنة. كما وتوفر لهم الخدمات الروحية المطلوبة من خلال النيابة البطريركية والكهنة والرهبان والراهبات الذي يخدمونهم.